A magyar romlás századában – amint Zrínyi nevezte korát – kevés becsülete volt hazájában a tudomány és művészet nagyjainak. A magyar tudósokat külföldön elismerték, tisztelték, ők mégis hazaigyekeztek, hogy a tudományt, mint becses szellemi zsákmányt, szülőföldjükön kamatoztassák. A fogadtatás gyakran lehangoló volt, hála, elismerés helyett mellőzés, gáncsoskodás, néha üldöztetés fogadta őket. Ilyen sors várt Apáczai Csere Jánosra is, aki elsőként írta meg a tudományok foglalatát ékes magyar nyelven. Tanítványa és rajongója, Bethlen Miklós, örömmel adta hírül: Apáczai volt az első erdélyi, aki Hollandiában doktorátust szerzett, és ha a hazaszeretete nem hozta volna vissza, Erdélybe, „professzori tisztességes hivatala és kenyere lett volna. De az Isten házának és nemzetségének szerelme emésztette…” Hazajött, ahogy a letűnt idők magyar diákjai szinte kivétel nélkül hazajöttek, hogy a sorsvert hazát szolgálják. Ha a magyar haza idegenben szorgoskodó fiai, lányai manapság ezt tennék, a nemzet új erőre kapna, a magyar jövőbe vetett hit sokakat itthon maradásra késztetne.

Apáczai holland feleségével érkezett az erdélyi fejedelmi városba, Gyulafehérvárra 1653. kora őszén, ahol megkezdte tevékenységét. Az ígéretes kezdet azonban rövidesen kudarcba fulladt. A professzort megvádolták, hogy eretnek nézeteket hirdet, Descartes eszméit és felforgató angol tanokat terjeszt. De valójában mi is volt a kifogás Descartes eszméivel kapcsolatban? – A filozófus „Gondolkodom, tehát vagyok” állítása azért volt a konzervatív teológusok számára elfogadhatatlan, mert hiányzott abból a hagyományos, Isten létét igazoló okfejtés. Descartes nem tagadta Isten létét, de burkoltan sejtette, hogy filozófiája istenhit nélkül is megalapozott, és különben is, a filozófia nem állhat a teológia szolgálatába, amint azt a teológusok elvárják. A materialisták is elutasították a kifogásolt szemléletet. Descartes a két oldalról jött támadás miatt örömmel fogadta Krisztina svéd királynő meghívását, aki élénk érdeklődést tanúsított bölcseleti kérdések iránt. A filozófust nem a királyi elismerés és az anyagi juttatás töltötte el örömmel, hanem a lehetőség, hogy tanítását szélesebb körben népszerűsítheti. Rövidesen elkezdődött a bölcseleti „gyorstalpalás.” A királynő elfoglaltsága miatt a filozófiai megbeszéléseket hajnalban tartották. Descartes szervezete azonban nehezen viselte az északi éghajlatot és a hajnali felkelést. Nem bírta a megterhelő munkát, kimerült, és rövidesen elhunyt.

Apáczai ellenfelei áskálódásai ellenére is konokul kitartott szakmai irányvonala és elvei mellett, ami előkelő állásába került, a fejedelmi várost el kellett hagynia. Barátai támogatásával Kolozsvárt kapott állást, ahol a szellemi elmaradottság nyomasztó légköre fogadta, de felcsillant előtte a helyzet orvoslásának lehetősége. Magyar logikácskájának előszavában a fejedelemnek felvázolta az áldatlan állapotokat, és merész tervéhez erkölcsi és anyagi támogatást kért. Főművében, a Magyar Enciklopédiában elsőként tolmácsolta magyar nyelven a kor haladó eszméit, kifejtve a descartes-i ismeretelmélet lényegét. Mindezt nem csupán szakmai ambícióból, hanem a bölcseleti gondolkodás népszerűsítéséért is tette. A műveltség terjesztésének szinte haragos vágya sarkallta, amint azt székfoglaló beszédében kemény szavakkal hangsúlyozta: „Mint bámész borjú bámul az új kapura, úgy kell minekünk mindenre barmok módjára bámészkodnunk, ha fel nem vértezzük magunkat a logika világosságával.”

Tanács című írásában a csüggedő diákot párbeszédes formában tanulásra buzdítja, megcsillantva a fáradságos munka gyümölcsét, a szellemi öröm semmihez sem hasonlítható érzését. Apáczai helyzetére éppúgy jellemző, mint a Habsburg-dinasztia elnyomása alatt sínylődő Magyarország művelődési állapotára, hogy az 1655-ös Enciklopédiának 1803-as új kiadását a császári cenzúra megnyirbálta, hogy a szabad, független eszmék terjedésének útját állja.

Áprily Lajos Tavasz a házsongárdi temetőben című versével maradandó emléket állított a tudósnak és holland feleségének: „De a vasárnap délutáni csendben / nagyon dalolt a név zenéje bennem. // S amíg dalolt, a századokba néztem / s a holt professzor szellemét idéztem, // akinek egyszer meleg lett a vére / Aletta van der Maet meleg nevére.”

A Házsongárdi temető az erdélyi magyar múlt panteonja, amelyben nagyjaink sírjánál elmélázunk. A síremlékeken vallási szimbólumokat látni. Eszünkbe ötlik a bibliai ige: „Miért keresitek az élőt a holtak között.” Apáczai Csere János örök életre szenderült, de szellemi öröksége ránk maradt. Az egykor haladó Erdély a halódó magyarságot vetíti elénk.

.